Bioconductor 是一個開放原始碼的生物資訊軟體計畫,它提供了一個完整的生物資訊分析工具,廣泛應用於基因體、轉錄組、蛋白質體和代謝體分析等領域。它由 R 語言撰寫而成,並包含了大量經過同儕審查的套件,可供使用者自訂分析流程。
Bioconductor 社群積極參與開發和維護這些套件,確保其品質和準確性。使用者可以透過 Bioconductor 網站或 Bioconductor BiocManager 套件存取這些套件。
Bioconductor 也是一個重要的教育資源,提供線上課程、文件和論壇,幫助使用者學習和應用生物資訊分析技術。
PLoS Genetics(公共科学图书馆:遗传学)是一个开放获取的、同行评议的科学期刊,由公共科学图书馆出版社出版。它涵盖了遗传学各个方面的研究,包括基因组学、变异分析、表观遗传学、转录组学和蛋白质组学。PLoS Genetics成立于2005年,是PLoS期刊家族中最早的成员之一。
PLoS Genetics发表了广泛的遗传学研究,包括人类、动物、植物和微生物的研究。该期刊特别注重发表对遗传学领域有重大影响的工作,以及能够促进对遗传学基本原理的理解的工作。
PLoS Genetics的所有文章都是开放获取的,这意味着它们可以在线免费获得,无需订阅或其他费用。该期刊还采用知识共享署名许可(CC BY),允许读者在适当归属的情况下自由使用、分发和复制文章。
PLoS Genetics被广泛认可为遗传学领域领先的期刊之一。它在2021年《期刊引证报告》中被评为遗传学和分子生物学领域第11位期刊,影响因子为10.578。
expasy.org 是瑞士生物信息学研究所 (SIB) 维护的一个网站,提供各种生物信息学工具和数据库。
SIB 成立于 1998 年,是瑞士八所大学和两个联邦研究所的联合体。 expasy.org 是 SIB 主要的门户网站,提供以下服务:
expasy.org 是生物信息学研究人员和从业者广泛使用的资源。它提供了一个全面的平台,用于访问和分析生物信息学数据。
基因本体组织(Gene Ontology Consortium)是一个国际合作组织,致力于开发和维护基因本体(GO),这是一种用于描述基因产品功能的受控词汇表。 GO 由三个独立的本体组成:生物过程(BP)、细胞组成(CC)和分子功能(MF)。 GO 用于注释基因组、蛋白质和基因产物的功能,并已被广泛用于基因组学、蛋白质组学和系统生物学的研究中。
欧洲分子生物学实验室(EMBL)是一个分子生物学研究机构,总部位于德国海德堡。该实验室成立于1974年,是欧洲分子生物学组织(EMBO)的组成部分。
EMBL专注于基础分子生物学研究,包括基因组学,蛋白组学,结构生物学,计算生物学和系统生物学。实验室配备了最先进的研究设施,包括高通量测序仪,质谱仪,核磁共振成像仪和冷冻电子显微镜仪。
EMBL现有约850名科学家,来自世界各地。实验室与世界各地的大学和研究机构有密切的合作关系,并为博士后和访问学者提供研究机会。
EMBL的研究成果在分子生物学领域产生了重大影响,包括人类基因组计划和蛋白质结构数据库的创建。实验室还开发了许多创新技术,例如DNA测序方法和基因编辑工具。
EMBL是分子生物学领域领先的研究机构之一,其研究为癌症,神经退行性疾病和其他疾病的理解和治疗做出了重要贡献。
bio.site是一个在线生物信息学平台,为生物学家提供了访问和分析生物数据的工具。它包括广泛的数据库、分析工具和可视化功能,使生物学家能够有效地探索和解释生物数据。
bio.site的主要功能包括:
bio.site广泛用于生物医学研究、药物发现和生物技术领域。它为生物学家提供了一个强大的平台,让他们探索和解释复杂的生物数据,从而推动对生命科学的理解和创新。
smart.bio 是一个生物科技信息技术公司,致力于开发和提供基于人工智能的生物信息学解决方案,帮助科学家加速发现和治疗疾病。
Sunlabs.com是一家从事创新性皮肤病学研究的科学公司,致力于开发新的治疗方法和技术,以改善皮肤健康。
公司概况
研究重点
Sunlabs专注于以下皮肤病学领域的创新研究:
技术平台
Sunlabs利用以下技术平台进行研究:
主要成就
Sunlabs的主要成就包括:
愿景和目标
Sunlabs的愿景是通过科学创新来改变皮肤健康。其目标是:
Mz.DE是一款用于处理质谱数据的开源软件。它由德国马普协会分子细胞生理学和生物化学研究所开发,可以用于各种质谱平台,包括 MALDI-TOF、TOF、Orbitrap 和 Q-TOF 等。Mz.DE 提供了一系列功能,包括:
Mz.DE 的主要优势在于其灵活性、易用性和强大的功能。它支持多种文件格式,具有直观的图形用户界面,并提供了广泛的文档和支持资源。Mz.DE 广泛用于代谢组学、蛋白质组学和脂质组学等领域的研究。
Seer, Inc. 是一家生命科学公司,致力于开发和商业化用于破译蛋白质组生物学的产品。该公司开发了 Proteograph 产品套件,这是一个集成解决方案,包括专有的工程纳米颗粒、消耗品、自动化仪器和用于执行蛋白质组分析的软件,以提供一种解决方案,几乎任何实验室都可以将其纳入仅用于研究中。该公司打算将其产品仅用于研究用途,涵盖学术机构、生命科学和研究实验室,以及用于非诊断和非临床目的的生物制药和生物技术公司。其业务遍及中国、澳大利亚、东欧、以色列和日本。该公司前身为 Seer Biosciences, Inc.,于 2018 年 7 月更名为 Seer, Inc.。Seer, Inc. 成立于 2017 年,总部位于加利福尼亚州红木城。
量子-硅公司是一家生命科学公司,致力于开发单分子检测平台,以实现下一代蛋白质测序(NGPS)。该公司的平台由铂金 NGPS 仪器、铂金分析软件服务以及与其仪器配合使用的试剂盒和半导体芯片组成。它用于蛋白质鉴定、蛋白质变体、抗体表征、生物标记鉴定和翻译后修饰分析应用程序。该公司成立于2013年,总部位于康涅狄格州布兰福德。
NanoString Technologies, Inc. 是一家开发、制造和销售基因组学和蛋白质组学领域科学和临床信息技术的公司,业务遍及美洲、欧洲、中东和亚太地区。该公司提供 nCounter 分析系统,这是一种自动化、多应用、数字检测和计数系统。它提供的 nCounter Pro 和 FLEX 系统包含 Prep Station(一种处理和准备样品以进行数据收集的自动化液体处理组件);以及 nCounter 数字分析仪,它通过获取样品盒中固定荧光报告器的图像来收集样品数据,并将数据处理成输出文件。该公司还提供 nCounter SPRINT Profiler,这是一种可通过使用微流控盒提供液体处理步骤和数字分析的仪器;以及 nSolver 分析软件,这是一种数据分析程序,可以让研究人员检查、标准化和分析他们的数据。此外,它还提供定制 CodeSet;以及涵盖肿瘤学、免疫学和传染病以及神经科学应用的面板。此外,该公司还提供主试剂盒、盒、辅助试剂、针头和试剂板,以在仪器中设置和处理样品;以及 Prosigna 体外诊断试剂盒。该公司还在开发 GeoMx DSP 系统,以支持空间生物学领域。它已与 Lam Research Corporation 合作开发 NGS 测序平台和相关检测;以及 Parker Institute for Cancer Immunotherapy 合作开发 CAR-T 方案,以改善各种类型癌症的患者预后,并与 Stanford Medicine、Acrobat Genomics 和 Illumina Accelerator 合作,以发现针对基于基因编辑的疗法的新的药物靶点。NanoString Technologies, Inc. 成立于 2003 年,总部位于华盛顿州西雅图。2024 年 2 月 4 日,NanoString Technologies, Inc. 及其关联公司向特拉华州地区美国破产法院提交了第 11 章自愿重组申请。
标准生物工具公司及其子公司为美洲、欧洲、中东、非洲和亚太地区的科研人员和临床实验室提供仪器、耗材、试剂和软件服务。它通过两个部门运作:蛋白质组学和基因组学。该公司提供分析系统,例如 CyTOF XT 系统,CyTOF XT 质谱细胞术系统使用偶联到金属同位素的抗体执行自动高参数单细胞分析;和 Hyperion XTi 成像系统,一种空间生物学仪器。它还提供基因组学,例如 X9 实时 PCR 系统,一种实时 PCR 分析仪器,包括使用(集成流体电路)IFC 的基于微流体的流程的前处理步骤;和 IFC 控制器,一种设计用于与 IFC 格式配合使用的控制器。此外,该公司还提供分析仪器,包括 Biomark HD 系统,这是一种针对微流体工作流程使用制备好的 IFC 的实时 PCR 分析仪器。它向学术研究机构销售其产品;转化研究和医学中心;癌症中心;临床研究实验室;生物制药、生物技术以及动植物研究公司;和合同研究组织。它与加州理工学院、哈佛大学和 Caliper Life Sciences, Inc. 签订了许可协议。该公司前身为 Fluidigm Corporation,并于 2022 年 4 月更名为 Standard BioTools Inc. Fluidigm Corporation 成立于 1999 年,总部位于加利福尼亚州南旧金山。
Labcorp.com 是 LabCorp 的官方网站,LabCorp 是一家位于美国北卡罗来纳州伯灵顿的领先医疗检验和诊断服务公司。该网站提供有关公司、其服务、患者信息和职业机会的各种信息。该网站还提供在线患者门户,患者可以使用该门户管理自己的医疗保健、访问测试结果和支付账单。
生物信息学百科
Biol.me 是一个生物信息学百科全书,提供有关生物学和医学术语、概念和工具的全面信息。它是研究人员、学生和生物信息学领域专业人士的重要资源。
内容覆盖
Biol.me 涵盖广泛的生物信息学主题,包括:
特点
Biol.me 具有以下特点:
使用案例
Biol.me 可用于各种用途,包括:
其他资源
除了百科全书外,Biol.me 还提供以下附加资源:
总的来说,Biol.me 是一个宝贵的资源,为生物信息学领域提供了全面且权威的信息。它对于研究人员、学生和专业人士了解这一重要学科至关重要。
蛋白质图谱 (ProteinAtlas) 是一個在線數據庫,提供有關人體蛋白質表達的信息。它由瑞典皇家理工學院和烏普薩拉大學於 2003 年創立,現由瑞典人類蛋白質組資源 (HPA) 維護。
ProteinAtlas 包含以下信息:
ProteinAtlas 是一個寶貴的資源,可用於以下目的:
ProteinAtlas 是一個不斷更新的數據庫,隨著新信息的發布,新的信息將定期添加到數據庫中。
InterMine 是一个生物信息学平台,它使您可以探索生物数据(例如基因,蛋白质和通路)及其来自不同物种的关系。它是一个开放源码平台,由剑桥大学生物信息学研究所开发。
InterMine 的主要特点包括:
InterMine 已用于广泛的生物学研究,包括:
InterMine 是一项强大的工具,可用于探索生物数据并深入了解生物系统。它对于生物信息学家,生物学家和其他希望了解生物学复杂性的人来说是一个宝贵的资源。
要了解更多信息,请访问 InterMine 网站:https://www.intermine.org
Genome.org是一个基因组学、蛋白质组学和其他生物信息学的教育、信息和新闻门户网站。它由美国国家人类基因组研究所(NHGRI)于1996年创立,旨在向神道、范围广泛的受众传播人类基因组计划和相关研究的最新进展。
Genome.org的使命是为学生、研究人员、临床医生、决策者和公众提供易于理解且可靠的信息和资源,以获得对基因组学,并促进遗传学研究和转化为医学的理解。
Genome.org提供以下方面的全面信息:
Genome.org是获取基因组学信息和资源的一个宝贵来源,它为所有人提供了了解这一快速发展的领域所需的支持和工具。
Xenbase 是一个关于非洲爪蟾青蛙(Xenopus)的综合在线数据库。它包含有关非洲爪蟾青蛙的基因组、基因、蛋白质和发育生物学的信息。Xenbase 由加州大学伯克利分校和马克斯·普朗克分子细胞生物学和遗传学研究所共同维护。
Xenbase 提供各种工具和资源,包括:
Xenbase 是研究非洲爪蟾青蛙和其他脊椎动物发育的宝贵资源。它为研究人员提供了一个综合的信息来源,并允许他们共享数据和协作。
Gersteinlab.org 是杜克大学计算生物学家马西莫·格斯坦 (Massimo Gerstein) 领导的研究实验室的官方网站。该网站提供有关实验室研究、出版物、软件、教育计划和团队成员的信息。
该实验室的研究重点是利用计算和实验方法研究基因组学、蛋白质组学和网络生物学。实验室开发了用于分析基因组和蛋白质组数据的各种软件工具,包括 Galaxy、Ensembl 和 UCSC Genome Browser。
该实验室还参与了多项教育计划,包括杜克大学计算生物学研究生课程和基因组学虚拟研究环境 (VRE)。
该网站包括以下部分:
该网站对于了解该实验室的研究活动、软件工具和教育计划很有用。
BioGRID 是一个生物交互数据库,它收集了从文献中整理的经过实验验证的蛋白质和遗传相互作用。它由加州大学圣地亚哥分校的生物学系维护。
BioGRID 的目的是为研究人员提供一个集中的资源,以便他们可以访问经过验证的相互作用数据。这些数据可用于各种研究,包括:
BioGRID 包含来自广泛来源的数据,包括:
数据经过严格的审查过程,以确保其准确性和可靠性。
BioGRID 提供了多种查询和可视化工具,使研究人员可以轻松浏览和分析数据。这些工具包括:
BioGRID 是一个重要的资源,已广泛用于蛋白质相互作用的研究。它为研究人员提供了一个宝贵的工具,可用于了解蛋白质功能和构建更准确的生物学模型。
Arabidopsis.org 是一个关于拟南芥的研究和信息的中心。它提供了各种工具和资源,包括:
Ploscompbiol.org是公共科学图书馆计算生物学(PLOS Computational Biology)期刊的网站。PLOS Computational Biology是一份同行评审的开放获取期刊,发表计算生物学领域的基础研究。该期刊由公共科学图书馆(PLOS)出版,是一个非营利组织,致力于使科学和医学研究成果更广泛地传播。
Ploscompbiol.org网站提供了该期刊发表的所有文章的存档,可以免费获取。该网站还包括有关期刊的新闻和博客文章,以及有关计算生物学领域的教育资源。
Ploscompbiol.org是计算生物学研究人员和对该领域感兴趣的人士的重要资源。该网站提供了对最新研究的免费访问,并为该领域提供了宝贵的教育资源。
bio-itworld.com 是一个综合性的生物信息学门户网站,为生物信息学家、生物学家和对该领域感兴趣的人员提供广泛的信息和资源。该网站涵盖了该领域的各个方面,包括:
bio-itworld.com 由一群生物信息学家和计算机科学家管理,他们致力于为生物信息学社区提供准确、及时和有用的信息。该网站是生物信息学研究人员、从业人员和学生获取该领域最新动态和信息的宝贵资源。
WormBase(https://www.wormbase.org/)是一个帮助研究人员发现新知识的网站。它提供了有关秀丽隐杆线虫的大量信息,秀丽隐杆线虫是一种小型的、生活在土壤中的蠕虫,是研究人类疾病和生物学中许多基本过程的模式生物。
WormBase包含有关秀丽隐杆线虫的各个方面的信息,包括其基因组、蛋白质组、生理学、行为和发育。该网站还提供各种工具,使研究人员能够分析数据并生成可视化结果。
WormBase由加州大学圣克鲁斯分校的一个研究小组维护。它由美国国立卫生研究院资助。
Genecards.org 是一个大型的生物信息学数据库,它收集并综合了来自各种来源的基因组、转录组和蛋白质组数据。它由以色列魏茨曼科学研究学院(Weizmann Institute of Science)开发和维护。Genecards.org 提供各种工具和资源,包括:
Genecards.org 是生物医学研究人员、临床医生和学生的重要资源。它提供了一站式服务,可以访问有关人类基因组和蛋白质组的全面信息。
EMBL(欧洲分子生物学实验室)是一个世界上享有盛誉的生物学研究机构,总部设在德国海德堡。EMBL 的使命是通过促进基础研究,开发新技术和培训新一代科学家,促进整个欧洲的分子生物学研究。
EMBL 的研究活动涵盖分子生物学的各个方面,包括基因组学、蛋白质组学、生物信息学、结构生物学和发育生物学。EMBL 拥有世界一流的研究设施,包括一项尖端的DNA测序平台和一个蛋白质晶体学中心。
EMBL 也非常重视培训下一代科学家。该机构提供了一系列研究生课程、博士后职位和暑期实习机会。EMBL 的科学家还积极参与欧洲各地的外展活动,以激发公众对科学的兴趣。
EMBL 由27个欧洲成员国资助,是欧洲分子生物学组织(EMBO)的一部分。EMBL 是欧洲分子生物学领域领先的研究中心之一,并在理解生命的基本过程方面做出了重大贡献。
半衰期.com 是一家为生物技术,制药和生命科学研究人员提供试剂盒,试剂和耗材的公司。该公司的产品用于研究基因组学,蛋白质组学,细胞生物学,免疫学和神经科学。半衰期.com 成立于 2006 年,总部位于加利福尼亚州雷德伍德城,在全球拥有办事处。
Molbiol.ru 是一个有关分子生物学的综合性网站。该网站由来自俄罗斯科学院和莫斯科国立大学的科学家们共同创建和维护。网站涵盖了分子生物学各个方面的最新研究成果,包括基因组学、蛋白质组学、生物信息学和系统生物学。
Molbiol.ru 提供了大量的信息资源,包括:
Molbiol.ru 是分子生物学研究人员、教师和学生的重要信息资源。该网站提供了全面且最新的分子生物学信息,并为分子生物学研究和教学提供了宝贵的工具。
国际计算生物学学会 (ISCB)
ISCB 是一家非营利组织,致力于促进计算生物学的研究、实践和教育。
使命
ISCB 的使命是:
活动
ISCB 通过以下活动实现其使命:
ISMB 会议
ISMB 会议是计算生物学领域最负盛名的国际会议之一。它每年举行一次,汇集来自世界各地的研究人员、从业者和学生。会议提供了一个平台,让他们分享最新的研究成果、讨论该领域的最新趋势并建立联系。
BMC Bioinformatics 杂志
BMC Bioinformatics 是一本同行评审的开放获取期刊,发表计算生物学各个方面的高质量研究论文。该期刊旨在促进该领域的最新发现和创新方法。
教育材料和课程
ISCB 提供各种教育材料和课程,以帮助计算生物学家提高他们的技能和知识。这些资源包括网络研讨会、教程、工作坊和在线课程。
职业发展机会
ISCB 为计算生物学家提供职业发展机会,包括奖学金、助学金和旅行补助金。该学会还提供指导计划,将资深研究人员与年轻的计算生物学家联系起来。
合作伙伴关系
ISCB 与研究机构和行业密切合作,促进计算生物学的应用。这些合作关系有助于将研究成果转化为现实世界解决方案。
会员
ISCB 的成员资格向来自世界各地的计算生物学家开放。会员资格的福利包括:
如果您对计算生物学感兴趣,我鼓励您加入 ISCB。该学会提供了一个宝贵的资源和支持网络,可以帮助您推进您的职业生涯和促进该领域。
贝特曼基金会 (Bateman Foundation) 致力于支持生物医学研究和教育项目,重点关注以下领域:
贝特曼基金会成立于 1997 年,由雷蒙德·贝特曼 (Raymond Bateman) 捐赠。它的使命是通过支持生物医学创新来改善人类健康。
您可以访问贝特曼基金会网站以获取更多信息:https://www.batemanfoundation.org/